در سن شش سالگی، به مکتبخانه رفته و خواندن و نوشتن یاد گرفت. تعدادی از جزوات متداول در مکتبخانه‌های آن زمان را خواند و در خردسالی تمام قرآن را یاد گرفت. سپس وارد دورهٔ ابتدایی دروس حوزوی شد. تاریخ ورود وی به حوزهٔ علمیه مهرماه سال ۱۳۲۳ هجری شمسی بود.

مهاجرت به تهرانوی در شهریور ۱۳۲۹ خورشیدی به تهران آمد و چند سالی در مدرسهٔ حاج ابوالفتح به سر برد و باقی کتب حوزوی را نزد آیت‌الله سید احمد لواسانی خواند. چندین سال در مدرسهٔ مروی به سر برد و زیر نظر آیت‌الله محمد تقی آملی و حاج میرزا ابوالحسن شعرانی طهرانی (به مدت ۱۳ سال) درس خواند و از او اجازهٔ اجتهاد دریافت داشت.

مهاجرت از دارالعلم تهران به قمدر سال ۱۳۴۲ هجری شمسی به قصد اقامت در قم، تهران را ترک گفته و پس از ورود به قم، آغاز به تدریس معارف حوزوی و فنون ریاضی نمود. ایشان در قم از محضر استاد علامه سید محمدحسین طباطبایی، و به سفارش ایشان از سید محمدحسن الهی طباطبایی استفاده‌ها برده است.
وی در فلسفه، عرفان، فقه، اصول، ادبیات، ریاضیات، علم فیزیک و شیمی و بسیار علوم دیگر تخصص دارد.

تدریسبرخی از دروسی که آیت‌الله حسن‌زاده آملی تدریس نموده است،[۳] به شرح ذیل می‌باشد:

چهار دوره اشارات با شرح خواجه (صفحه ۲۵۳).
مصباح الانس به مدت هشت سال در حوزهٔ علمیهٔ قم برای حجت‌الاسلام سمندری نجف‌آبادی و دکتر امامی نجف‌آبادی و دوره دوم تدریس آن که در سال ۱۳۷۰ آغاز و به دلیل کسالت وی در سال ۱۳۷۱ تعطیل شد. (صفحه ۲۵۵).
شرح فصوص الحکم قیصری چهار دوره که برای شاگردان املاء می‌کرد و آنان می‌نوشتند. (صفحه ۲۵۵)
یک دوره کامل شفا شیخ رئیس که در ضمن تدریس از روی چندین نسخهٔ تصحیح شده و تعلیقات و حواشی کرد(صفحه ۲۵۴).
چهار دوره تمهید القواعد در حوزهٔ علمیهٔ قم که هر دوره حدود چهار سال به طول انجامید. (صفحه ۲۵۴).
«اُکَر مانالاؤس» که مدت سه سال در حوزهٔ علمیهٔ قم بطول انجامید (صفحه ۲۵۶).
دو کتاب «اُکَر ثاوذوسیوس و مساکن» به تحریر خواجه طوسی (صفحه ۲۵۷).
اصول اقلیدس (صفحه ۲۵۷).
دروس هیئت و دیگر رشته‌های ریاضی (صفحه ۲۶۳).
شاگردان ویژهحاج رضا ولایی (خواجه ابوسعید ولایی)
حسن رمضانی
سید یدالله یزدان پناه